A pesquisa científica em Recursos Hídricos Subterrâneos atua em três linhas principais de pesquisa:
1) avaliação, exploração e aproveitamento da água subterrânea;
2) gestão e manejo do seu uso e
3) contaminação e qualidade do recurso hídrico subterrâneo.
No desenvolvimento da primeira linha de atuação constam projetos nos municípios de Salto de Pirapora, Sorocaba, Itu, Campinas, municípios da porção média da bacia do rio Piracicaba (Americana, Cosmópolis, Jaguariúna, Holambra, Hortolândia, Nova Odessa, Paulínia e Sumaré) e Guarulhos.
Um importante produto dos projetos é a Carta Orientativa ao Usuário das Águas Subterrâneas, na qual constam as zonas de produtividade similar, as condições de ocorrência das águas subterrâneas e fragilidades e potencialidades principais. Na linha de gestão e manejo encontram-se os projetos de mapeamento da vulnerabilidade e risco da poluição das águas subterrâneas, balanço hídrico e subsídios ao planejamento territorial.
A terceira linha de atuação mostra uma tendência de aumento do número de projetos, tendo em vista a crescente necessidade de estudos que subsidiem a proteção dos aqüíferos do Estado de São Paulo.
Atualmente, estão em desenvolvimento projetos nas regiões de Ribeirão Preto, Indaiatuba e arredores e Vale do Paraíba.
